Penerapan TQM sering menghadapi tantangan seperti kurangnya komitmen dari pimpinan yang membuat tim sulit termotivasi, serta kesulitan dalam mengubah budaya kerja yang sudah ada. Selain itu, penerapan TQM memerlukan sumber daya yang tidak sedikit, seperti pelatihan, teknologi, dan sistem pendukung lainnya, yang bisa jadi sulit dicapai, terutama bagi perusahaan dengan anggaran terbatas.