Meskipun Sistem Penunjang Keputusan (SPK) sangat membantu, ada beberapa kerugian, seperti biaya pengembangan yang mahal, risiko ketergantungan berlebihan pada sistem, dan hasil yang salah jika data yang digunakan tidak akurat. Selain itu, SPK bisa terlalu rumit untuk pengguna tertentu dan rentan terhadap masalah keamanan data. Maka, penting untuk mengelolanya dengan baik agar manfaatnya maksimal dan kerugiannya bisa diminimalkan.