Masalah interaksi antara fase diam (misalnya kolom kromatografi) dan fase gerak (misalnya pelarut dalam kromatografi cair atau gas) sering terjadi dalam analisis sampel pangan yang mengandung senyawa polar dan non-polar. Interaksi ini dapat menyebabkan pemisahan yang tidak efisien atau tumpang tindih antar puncak dalam kromatogram.