Kebijakan yang mengatur produksi dan pemanfaatan biodiesel di Indonesia, khususnya melalui program wajib seperti B35, menggambarkan komitmen pemerintah untuk beralih ke sumber energi yang lebih ramah lingkungan. Inisiatif ini bertujuan untuk mengurangi ketergantungan pada bahan bakar fosil, meningkatkan ketahanan energi, dan memanfaatkan sumber daya lokal, terutama minyak sawit mentah (CPO) sebagai bahan baku utama. Meskipun kebijakan ini telah berdampak positif terhadap peningkatan produksi dan konsumsi biodiesel, beberapa pertimbangan perlu diperhatikan. Salah satu tantangan utama adalah dampak lingkungan yang terkait dengan perluasan perkebunan kelapa sawit, yang sering kali menyebabkan penggundulan hutan dan hilangnya keanekaragaman hayati. Oleh karena itu, penting untuk menyelidiki bahan baku alternatif yang lebih berkelanjutan.
Selain minyak kelapa sawit, Indonesia memiliki potensi yang signifikan untuk pengembangan bahan baku alternatif untuk produksi biodiesel. Salah satu bahan tersebut adalah Minyak Goreng Bekas (UCO), yang semakin banyak digunakan, meskipun dalam skala terbatas. Dengan mengubah UCO menjadi biodiesel, adalah mungkin untuk mengurangi limbah sekaligus memanfaatkan sumber daya yang ada. Mikroalga juga memiliki potensi yang cukup besar sebagai bahan baku biodiesel. Organisme ini dapat menghasilkan minyak pada tingkat yang sangat tinggi, mencapai hingga 75% dari berat keringnya. Namun, tantangan yang terkait dengan biaya pemurnian dan teknologi harus diatasi untuk memungkinkan pengembangan komersial. Tanaman lain, seperti Jatropha curcas dan tebu, juga dapat dieksplorasi sebagai bahan baku biodiesel alternatif. Jatropha curcas, misalnya, telah dipelajari sebagai sumber biodiesel yang tidak secara langsung bersaing dengan kebutuhan pangan, menjadikannya pilihan yang lebih berkelanjutan.