Sesuai dengan fungsinya, fase gerak akan membawa sampel melewati fase diam yang digunakan dalam proses kromatografi, pergerakan sampel pada fase diam ini menghasilkan interkasi antara molekul dalam sampel dengan fase diam sehinga proses pemisahan terjadi. Dlam kehidupan sehari-hari mekanisme pemisahan molekul ini mgkn bisa dianalogikan dengan proses pemurnian air yang menggunakan metode filtrasi partikel