Tantangan utama dalam pengelolaan persediaan adalah menjaga keseimbangan stok, agar tidak kekurangan atau kelebihan. Selain itu, peramalan permintaan yang akurat juga sulit, karena fluktuasi pasar bisa mempengaruhi kebutuhan barang. Biaya penyimpanan yang tinggi dan waktu pengiriman yang lama juga bisa menjadi masalah dalam menjaga kelancaran persediaan.