Ada beberapa, tantangan utama dalam penerapan demokrasi di tingkat pemerintahan desa adalah:
1.Kurangnya kesadaran dan keterampilan masyarakat desa mengenai demokrasi dan hukum.
2. Keterbatasan sumber daya dan infrastruktur di pedesaan menyulitkan penerapan demokrasi.
3. Karena keterbelakangan, masyarakat desa belum siap berpartisipasi aktif dalam proses demokratisasi.
4.Sumber daya dan dukungan dari pemerintah pusat dan kabupaten/kota terbatas.
5.Keterlibatan aktor non-tradisional seperti lembaga swadaya masyarakat, LSM, dan dunia usaha untuk membantu meningkatkan partisipasi masyarakat.
Sementara itu, tantangan utama otonomi di tingkat pemerintahan desa adalah:
1.Keterbatasan kemampuan dan kesanggupan perangkat desa dalam mengelola pemerintahan sendiri.
2.Terbatasnya sumber daya dan sumber daya yang tersedia bagi desa untuk mengelola pemerintahan mandiri.
3.Terdapat keterbatasan pada kemampuan masyarakat pedesaan untuk mengelola otonomi mereka secara efektif.
4. Keterlibatan pihak luar yang mempengaruhi keputusan desa.
5. Pemantauan dan pengawasan yang efektif oleh pemerintah pusat dan kabupaten/kota masih terbatas.
Namun perlu diingat bahwa tantangan-tantangan di atas bukanlah tantangan yang tidak dapat diatasi.
Dalam penerapan demokrasi dan otonomi di tingkat pemerintahan desa, perlu dilakukan upaya yang komprehensif dan berkesinambungan untuk memperkuat kesadaran, keterampilan, dan kapasitas masyarakat desa dan perangkat desa.
Tindakan penanggulangan yang mungkin dilakukan adalah:
1.Penguatan masyarakat desa melalui pendidikan dan pelatihan.
2.Mengembangkan infrastruktur desa untuk mendukung terwujudnya demokrasi dan otonomi.
3. Membentuk tim kerja yang terdiri dari warga desa, perangkat desa, dan pemangku kepentingan eksternal untuk mengelola otonomi.
4.Pengawasan dan pengendalian yang efektif oleh pemerintah pusat dan kabupaten/kota.
5. Pemberian dukungan finansial dan non finansial dari pemerintah pusat dan kabupaten/kota.
Dengan demikian, dengan upaya yang komprehensif dan berkelanjutan, tantangan-tantangan di atas dapat diatasi dan demokrasi serta otonomi dapat diterapkan secara lebih efektif di tingkat pemerintahan desa.