Kerusakan bahan pangan mempengaruhi pengolahan dengan mengurangi kualitas tekstur, rasa, dan nilai gizi, serta dapat menghasilkan zat berbahaya. Misalnya, pembusukan oleh mikroorganisme mengganggu proses fermentasi atau pemasakan, sementara oksidasi lemak menimbulkan rasa tengik. Penanganan yang tepat melibatkan pengendalian faktor penyebab kerusakan, seperti menjaga suhu dan kelembaban yang sesuai, mencegah kontaminasi mikroba melalui sanitasi, serta menggunakan bahan pengawet atau teknik pengemasan vakum. Penyimpanan di tempat yang bersih, dingin, dan kering sangat penting untuk memperlambat reaksi kimia dan pertumbuhan mikroba, sehingga bahan tetap segar lebih lama.