1. Oksidasi substrat pada mamalia
Reaksi oksidasi pada peroksisom jaringan mamalia dipacu oleh enzimflavin oksidasi yang menggunakan oksigen sebagai penerima elektron danmengubahnya menjadi H2O2. H2O2 yang terjadi sifatnya toksik bagi sel, karena itharus segera diubah menjadi H2O dan Ôö¼┬ó O2 oleh enzim katalase di dalam peroksisom.
Reaksinya dapat dirangkum sebagai berikut:

Contoh spesifik dari reaksi ini misalnya terjadi pada asam D-amino jika memasuki peroksisom. Asam amino ini akan mengalami seasiminasi oksidasi dengan enzimFAD-oksidase sehingga terbentuklah asam Ôò¼ÔûÆ-keto .

Enzim Flavin Adenin Dinukleotid (E-FAD), tidak hanya terdapat pada mikrobodi,enzim ini juga berperan dalam transpor elektron pada mitokondria. Namun aktivitaskatalisasinya di badan mikro berbeda secara mendasar dengan aktivitasnya yangterjadi di mitokondria.
2. Ôò¼Ôûô-oksidasi asam lemak mamalia
Peran baru dari peroksisom jaringan mamalia diantaranya adalah oksidasiasam lemak. Dimana, lemak netral yaitu triasil gliserol yang merupakan cadanganlemak dalam sitosol, akan dihidrolisis oleh lipase menjadi asam lemak bebas. Asamlemak bebas ini kemudian akan diangkut oleh karier (pembawa) ke dalammitokondria untuk dioksidasi dan menghasilkan asetil koenzim A (asetil KoA).
Sekarang telah diketahui bahwa peroksisom jaringan hati tikus mampumengoksidasi palmitoil-KoA menjadi asetil-Koa. Oksidasi ini dikenal dengan Ôò¼Ôûô├ö├ç├┤oksidasi. Asetil-KOA ini kemudian akan diangkut ke mitokondria untuk memasukidaur kreb atau daur asam sitarat. Jika tetap berada dalam sitisol maka akan diubahmenjadi asam lemak dan kemudian menjadi lemak netral.
Jalur Ôò¼Ôûô-oksidasi ini mempunyai kesamaan dengan jalur oksidasi yang terjadidi dalam mitokondria dengan suatu kekecualian. Oksidasi yang terjadi padamitokondria, enzim flavin dehidrogenase memberikan elektronnya ke rantairespirasi dan tidak bereaksi dengan O2. Sedangkan oksidasi yang terjadi padamikrobodi enzim dehidrogenase bereaksi langsung dengan O2 dan menghasilkanH2O2. Mitokondria tidak memiliki katalase karena itu tidak menghasilkan H2O2, seperti halnya mikrobodi.
3. Ôò¼├å-oksidasi asam lemak pada endosperm biji tanaman
Endosperm merupakan cadangan makanan dalam biji. Cadangan makananitu diantaranya lemak. Cadangan makanan ini penting dalam perkecambahan sumber utama perkecambahan adalah karbohidrat. Jadi, cadangan makanan dalam biji tadi yang berupa lemak harus dikonversi menjadi karbohidrat. Reaksi ini terjadi di dalam glioksisom dan dipacu oleh enzim-enzim yang terdapat di dalamnya.
Hasil oksidasi asam lemak ini adalah asetil-KOA, yang kemudian akan digunakan di dalam glioksisom untuk membentuk senyawa asam dengan 4 ataom C, yaitu asam suksinatmelalui jalur glioksilat. Selanjutnya suksinat dibawa ke mitokondria sebagai bahanuntuk proses glukoneogenesis. Di dalam mitokondria asam suksinat akan dikonversimenjadi asam malat, yang selanjutnya akan dibawa ke sitosol. Di sitosol asam malatakan diubah menjadi fosfoenol piruvat, dan digunakan untuk sintesis glukosa.
4.Jalur Glikolat
Jalur glikolat merupakan serangkaian reaksi kimia yang terjadi dalam peroksisom dan bergandengan dengan siklus karbon pada khloroplas. Jalur inimelibatkan khloroplas, peroksisom, mitokondria, dan sitosol. Jalur ini meliputi pengubahan senyawa yang tidak mengandung fosfat (nonphosphorilated) yakni gliserat menjadi glisin, serin, dan persenyawaan ÔÇÿCÔÇÖ dan hal ini penting bagi prekursor dalam biosintesis asam inti.
Jalur glikolat dimulai dalam khloroplas, dimana fosfoglikolat, glikolat, dan fosfogliserat dibentuk dalam fotosintesis. Glikolat meninggalkan khloroplas menuju peroksisom dengan perantaraan suatu pengemban atau pengangkut yang disebut
glioksilat-glikolat shuttle.
Dalam peroksisom, glikolat dioksidasi menghasilkan glioksilat dan membebaskan H 2O2. dengan adanya katalase dalam peroksisom H 2O2diubah menjadi H2O dan Ôö¼┬ó O2. Glioksilat akan diubah menjadi asam amino serin atau kembali ke khloroplas. Kembalinya glioksilat ke khloroplas ini diduga sebagaimekanisme untuk menghabiskan NADPH dalam khloroplas yang dihasilkan saat fotosintesis. NADPH direoksidasi dalam khloroplas dengan mekanisme tanpamenghasilkan H2O2.
Asam amino glisin dibentuk dari glioksilat, melalui reaksi interkonversi dalammitokondria menjadi asam amino serin. Serin ditranspor kembali ke peroksisom, lalumengalami deaminasi menjadi oksalat dan kemudian direduksi menjadi gliserat.Gliserat kemudian di transpor kembali pada khlorplas yang kemudian mengalami fosforilasi menjadi fosfogliserat. Dengan hasil ini selesailah siklus glikolat. Jalur ini membebaskan 1 molekul CO2, menghasilkan 1 molekul serin atau gliserat dari duamolekul fosfoglikolat, atau menghasilkan 1 molekul serin atau 1 molekul glisin ditambah persenyawaan ÔÇÿCÔÇÖ.