tantangan implementasi ditingkat desa adalah kurangnya partisipasi dari masyarakat akan pentingnya demokrasi ditingkat desa dimana masyarakat tidak menyadari didalam pemerintahan desa sangat dibutuhkan suara2 dari masyarakat itu sendiri dalam pengambilan keputusan. namun disisi lain penyaluran informasi kepada masyaralat oleh para pejabat desa masih sangat minim sehingga kurangnya informasi terhadap masyarakat, pemerintahan desa tidak bisa memanfaatkan teknologi dengan baik dan maksimal.
tantangan teebesar dalam otonomi pemerintahan desa adalah banhaknya kasus korupsi dan oenyalahgunaan kekuasaan dimana otonomi desa berjalan dihiasi banyak kasus penyalahgunaan dan korupsi oleh beberapa oknum, sehingga menjadi tantangan besar , selain dari itu pengawasan terhdap pemerjntahan desa masih terbilang minim sehingga memingkinkan para oknum bergerak secara leluasa dalan penyalahgunaan kewenangan teesebut.