Kerusakan bahan pangan dapat mempengaruhi proses pengolahan pangan secara signifikan. Bahan pangan yang rusak, misalnya akibat mikroorganisme atau perubahan enzim, bisa mengurangi kualitas produk akhir, baik dari segi rasa, tekstur, aroma, maupun nilai gizinya. Penggunaan bahan pangan yang rusak dapat menyebabkan pembusukan lebih cepat pada produk olahan, menurunkan keamanan pangan, dan mempengaruhi penerimaan konsumen.
Untuk menangani faktor-faktor penyebab kerusakan bahan pangan, perlu diterapkan proses penanganan yang tepat, misalnya seperti penyimpanan pada suhu yang sesuai, penggunaan teknik pengawetan, dan pengemasan yang kedap udara untuk mencegah kontaminasi dari mikroorganisme. Penanganan yang tepat ini dapat memperlambat atau mencegah kerusakan, serta mempertahankan kualitas bahan pangan hingga proses pengolahan selesai.