Tantangan terbesar yang dihadapi oleh industri pangan kecil dan menengah dalam mengimplementasikan sistem jaminan mutu adalah keterbatasan sumber daya, baik dari segi finansial, teknologi, maupun SDM yang terlatih. Banyak perusahaan kecil yang kesulitan untuk mengalokasikan anggaran untuk pelatihan karyawan, pengujian produk, dan penerapan sistem yang kompleks. Selain itu, ketidakmampuan untuk memenuhi standar yang ditetapkan oleh regulasi juga menjadi hambatan, karena banyak dari mereka tidak memiliki infrastruktur atau sistem yang memadai untuk mengelola kualitas secara konsisten.
Peran teknologi dalam mendukung pelaksanaan sistem jaminan mutu sangat signifikan. Teknologi dapat membantu meningkatkan efisiensi melalui otomatisasi proses, pengumpulan data secara real-time, dan analisis yang lebih akurat. Dengan penggunaan perangkat lunak manajemen mutu, perusahaan dapat lebih mudah memonitor dan mengontrol kualitas produk dari awal hingga akhir proses produksi. Teknologi juga memudahkan pelaksanaan pengujian laboratorium yang lebih cepat dan akurat, serta memungkinkan pelacakan produk yang lebih transparan. Teknologi ini tidak hanya mengurangi biaya jangka panjang, tetapi juga meningkatkan kemampuan perusahaan untuk memenuhi standar mutu yang diinginkan.