Tantangan terbesar dalam mengimplementasikan demokrasi di tingkat pemerintah desa adalah menciptakan sistem yg adil dan inklusif yang mewakili kepentingan semua penduduk desa. Ini dapat menjadi tantangan karena desa sering mengalami populasi yang beragam, dengan berbagai kelompok etis, agama dan sosial ekonomi.
Tantangan terbesar dalam mengimplementasikan otonomi di tingkat pemerintah desa adalah memastikan bahwa desa memiliki kebebasan dan kemampuan untuk membuat keputusan sendiri, tanpa campur tangan pemerintah pusat atau pihak lain. Ini dapat menjadi tantangan karena pemerintah pusat sering memiliki kendali atas desa dan mungkin tidak bersedia memberikan otonomi kepada desa.