Tantangan terbesar dalam implementasi demokrasi di level pemerintahan desa diantaranya seperti : Kurangnya kesadaran dan partisipasi pada masyarakat desa, seperti buta politik, tidak mau tahu menahu mengenai politik sehingga menyebabkan juga minimnya partisispasi masyarakat seperti pada pengambilan suatu keputusan, pesta rakyat ataupun hal lain yang berhubungan dengan regulasi sehingga menghabat pengimplementasian demokrasi. Penguasaan (dominasi) para elit lokal yang menyebabkan konservatisme pada msyarakat karena mereka cenderung banyak yang ingin mempertahankan kekuasaan mereka, memperkuat struktur hirarki dan menolak perubahan sosial sehingga demokrasi lebih terhambat karena masyarakat desa tidakmeiliki ruang untuk berpartisipasi (cenderung merasa enggan karena banyak di dominasi oleh para elit). Akses informasi yang terbatas, karena tidak disemua desa sudah memiliki akses internet yang memadai dan kualitas SDM masyarakat Indonesia terutama di pedesaan masih terbilang rendah sehingga untuk pengimplementasian demokrasi terhambat.
Tantangan terbesar otonomi di level pemerintahan desa seperti : Ketidakmerataan sumberdaya seperti keterbatasan dana, keterbatasan sarana dan prasarana, sumberdaya alam yang terbatas karena faktor kondisi desa apalagi yang terpencil secara geografis, ekologis,maupun demografis membuat perkembangan desa menjadi tertinggal dan menjadi tantangan tersendiri bagi otonomi setingkat desa, selain itu ditambah dengan adanya penyalah gunaan wewewang juga menjadi pendukung tantangan terbesar otonomi setingkat desa karena kitapun pernag mendengar adanya kepala desa yang korupsi uang desa untuk kepentingan pribadi, jelas hal ini merupakan penyalahgunaan wewenang akibat kurangnya kesadaran yang menjadi persoalan otonomi desa. Karena otonomi desa merupakan faktor yang menjadikan kemajuan atau perkembangan suatu desa
Secara keseluruhan tantangan baik untuk implementasi demokrasi maupun otonomi daerah titik utama penghambatnya adalah kurangnya atau terbatasanya dana, sarpras, dan sumberdaya seperti sumberdaya alam, sumberdaya manusia, dan kesadaran pada masyarakat.