Menurut analisis saya, tantangan terbesar dalam mengimplementasikan demokrasi di tingkat pemerintahan desa adalah kurangnya kesadaran politik. Banyak warga desa yang kurang memahami hak dan kewajiban mereka dalam sistem demokrasi. Kurangnya pendidikan mengenai politik juga menjadi faktor utama rendahnya kesadaran politik di tingkat desa. Mayoritas warga desa memilih dalam pemilu mengikuti sebuah budaya/tradisi, misalnya mereka sedari dulu terbiasa memilih partai A maka secara turun temurun keluaga itu akan terus memilih partai A tanpa melakukan pertimbangan dan melihat latar belakangnya karena mereka sudah percaya dengan partai tersebut. Ada pula warga yang berfikir politik itu tidak penting karena mereka berfikir siapapun yang menang tidak ada pengaruhnya bagi mereka. Kondisi ekonomi juga menjadi tantangan demokrasi dalam perpolitikan di tingkat desa. Ada Istilah money politik atau membeli suara. Mereka dibayar untuk mencoblos para pencalon. Tindakan money politik ini bisa dikatakan sudah menjadi rahasia publik yang sudah biasa terjadi.
Tantangan terbesar otonomi di tingkat pemerintahan desa yaitu Keterbatasan Kapasitas Sumber Daya Manusia. Banyak desa yang masih menghadapi tantangan dalam hal kapasitas manajerial dan teknis. Keterbatasan ini dapat menghambat efektivitas program pembangunan yang dirancang. Kurangnya kualitas Sumber daya manusia dalam tingkat desa karena kurangnya kompetensi dan pelatihan untuk masyarakat. Minimnya edukasi dan pelatihan tentang bagaimana pengelolaan sumber daya alam yang ada secara maksimal menjadi tantangan dalam otonomi desa. Misalnya di Papua, papua kaya akan sumber daya alam akan tetapi masyarakat di sana belum mempunyai kompetensi dalam mengelola sumber saya tersebut sehingga Negara lain lah yang memanfaatkan sumber daya yang ada di Papua. Kurangnya pelatihan bisa disebabkan karena tidak adanya anggaran untuk mengadakan sebuah pelatihan bagi masyarakat. Tanpa adanya dana maka cukup sulit untuk mengadakan sebuah pelatihan, workshop, seminar, maupun program lainnya yang diperlukan untuk meningkatkan kualitas SDM.