Tantangan terbesar dalam implementasi demokrasi di tingkat desa. Kurangnya partisipasi masyarakat dalam suatu desa jg salah satu tantangan bagi suatu desa. Dan jugaminimnya pendidikan politik dalam desa hal ini dapat menyebabkan rendahnya tingkat partisipasi dalam memilih kepala desa.
Otonomi desa memberikan kewenangan yang cukup luas megelola urusan pemerintahannya sendiri. Namun, otonomi desa juga di hadapkan pada beberapa tantagan di dalamnya
-keterbatasan keuangan
-sumber daya manusia
-kordinasi antarara tingkat pemerintahan
Dalam upaya-upaya tersebut, diharapkan implementasi demokrasi dan otonomi di tingkat desa dapat berjalan lebih efektif dan berdampak positif bagi masyarakat dalam suatu desa.